税務調査を回避！クリニック経営者が知っておくべき書面添付制度

税務調査がやってくる!? 診療所・クリニック経営者が抱える税務の悩み

「税務調査」と聞くだけで、不安を感じる診療所やクリニックの先生は少なくないでしょう。
日々の診療で多忙な中、いつ来るか分からない調査への対応を考えると、頭を抱えてしまうかもしれません。

もし、事前に税務署のチェックポイントや対策を知っておけば、不要な不安を減らせます。この記事では、なぜ診療所やクリニックが税務調査の対象になりやすいのか、その理由から具体的な対策までを分かりやすく解説します。
この記事を読めば、税務調査に対する漠然とした不安が解消され、安心して本業に専念できるでしょう。
　

なぜ、クリニックは税務調査で狙われやすいのか

診療所やクリニックは、税務調査において特に注目されやすい業種の一つです。
その主な理由は、以下の3つです。

• 所得や利益が高い傾向にある
  一般的に、他の業種に比べて所得や利益が高いことが多いため、税務署は申告内容の妥当性を厳しくチェックする傾向があります。

• 現金収入が多い
   医療機関は自由診療や保険診療の一部において、患者さんから直接現金を徴収する機会が多いため、売上管理が不透明になりやすいとされています。

• 経費の線引きが曖昧
  院長先生の自宅兼診療所など、事業とプライベートの経費の区別が曖昧になりがちです。
  これにより、個人的な支出が経費として計上されていないか、厳しくチェックされることがあります。

• 診療報酬制度など専門性が高い
  診療報酬制度や独特の会計処理など、税理士でも専門的な知識が求められる分野です。
  税務署側も、通常の事業より調査に時間をかけ、念入りに確認する傾向にあります。
  　

税務調査の一般的な流れ

ここでは、税務調査が実際にどのように進むのかをフロー図で示します。

税務調査のよくある質問

Q. 税務調査の対象になったら、拒否することはできますか？
A. 正当な理由なく税務調査を拒否することはできません。法律で定められた調査権限に基づいているため、調査官の求めに応じる必要があります。拒否や妨害をした場合、罰則が科される可能性もあります。

Q. 税務調査から「逃げ切る」ことは可能ですか？
A. 残念ながら、税務調査から完全に「逃げ切る」ことは極めて困難です。国税庁はKSK（国税総合管理）システムを用いて、全国の納税者の所得や財産情報を詳細に把握しています。さらに、同業者との比較データも活用しているため、不自然な申告はすぐに発見されてしまいます。

Q. 税務調査はどのくらいの頻度で来ますか？
A. 法律で明確な頻度は定められていませんが、一般的には税務署が申告内容に不審な点を見つけた場合や、無作為に選ばれた場合に来ることがあります。数年から10年以上来ないケースもあれば、数年おきに来るケースもあります。
　

税務調査に備えるための対策とは

上記の流れを踏まえて、日頃からできる対策は以下の通りです。

• 日頃から領収書や帳簿を整理しておく
  調査の際には、過去数年分の領収書や帳簿の提出を求められます。
  いつ調査が入っても良いように、日頃からこれらの書類を適切に整理・保管しておきましょう。

• 事業用と個人用の支出を明確に分ける
  クレジットカードや銀行口座を、事業用と個人用で分けることで、経費の線引きが明確になり、税務調査の際に説明しやすくなります。

• 税理士と密に連携する
  顧問税理士とは、定期的な面談や相談を通じて、経営状況を共有しておくことが重要です。これにより、税務調査の際にもスムーズに対応できます。

これらの対策は、税務調査の不安を軽減するだけでなく、クリニック経営を健全に保つ上でも非常に重要です。
 

税務調査を回避する「書面添付制度」とは

「税務調査はもう避けられない…」そう思っていませんか？

実は、税務調査を回避できる可能性を秘めた有効な制度があります。
それが「書面添付制度」です。
ここでは、この制度の概要と、従来の税務調査との決定的な違いを解説します。
 

書面添付制度の概要と目的

書面添付制度とは、税理士が申告書を作成する際、その内容が正確であることを確認した事項を記載した書面を、申告書に添付して提出する制度です。
この書面（添付書面）には、納税者から受けた相談内容や、会計帳簿をどのように確認したかといった詳細が記されます。

この制度の最大の目的は、税務申告の信頼性を高めることにあります。
税理士という専門家が、申告内容に「お墨付き」を与えることで、税務署は申告内容が適正であると判断しやすくなります。
 

従来の税務調査との違い

従来の税務調査では、税務署が申告内容に疑問を持った場合、まず納税者である診療所やクリニックに対し、事前通知の電話をかけ、実地調査を行います。

しかし、書面添付制度を利用している場合、税務署はまず申告書に添付された書面の内容について、その税理士に対し「意見聴取」を行うことになります。
この意見聴取で税務署が納得すれば、実地調査が省略される可能性が非常に高まります。

つまり、書面添付制度は、税務調査の第一段階を税理士への意見聴取に留め、納税者である先生が直接対応する負担を大幅に軽減できるという、非常に大きなメリットを持つのです。
 

書面添付制度を活用するメリット・デメリット

書面添付制度は、クリニック経営者にとって大きなメリットがある一方で、知っておくべきデメリットも存在します。
制度の効果を最大限に享受するためにも、両方を正しく理解しておきましょう。

【メリット】税務調査になる確率が大幅に下がる

書面添付制度の最大のメリットは、税務調査になる確率を大幅に下げられることです。
制度を適用している場合、税務署はまず申告書に添付された書面について、顧問税理士に「意見聴取」を行います。

名古屋青年税理士連盟の資料によると、意見聴取が行われた案件のうち、約65%は実地調査が省略されるというデータが出ています。
多忙な先生方にとって、煩雑な調査対応から解放され、本業に集中できる時間は何よりも貴重なメリットと言えるでしょう。
　

【メリット】税務署との信頼関係が築ける

書面添付制度を活用することは、税務署との良好な関係を築くことにもつながります。
税理士が専門家として申告内容の適正性を保証することで、税務署は申告内容を信頼しやすくなります。

この信頼関係が構築されると、将来的に実地調査の対象となるリスクも低減されることが期待できます。
これは、事業を長期的に安定させる上で、非常に大きな財産となるでしょう。
 

【デメリット】制度を利用するための条件

書面添付制度は、税理士がその申告内容の確認を行った場合にのみ利用できる制度です。
したがって、税理士が関与していない申告書では利用できません。
また、税理士が書面添付に同意しない場合もあります。これは、税理士がこの制度によって大きな責任を負うことになるためです。
 

【デメリット】税理士との連携が不可欠になる

制度を適切に利用するには、税理士との密な連携が不可欠です。
税理士は、添付書面に記載する内容を把握するために、日頃から先生方とのコミュニケーションを取り、会計処理や経営状況について詳細なヒアリングを行います。
このため、税理士との信頼関係を築き、積極的に情報提供を行う必要があります。
 

【データで見る】書面添付制度の利用率はなぜ低いのか

「税務調査が省略される可能性があるなら、すべての税理士が書面添付制度を利用するべきでは？」
そう考える先生も多いのではないでしょうか。
しかし、この制度の利用率は依然として低い水準にあります。ここでは、その実態をデータで見ていきましょう。
　

書面添付制度の利用率（法人税・所得税）

令和4年度の書面添付提出割合は、所得税で1.5%、法人税で10.0%と、依然として低い水準にとどまっています。
 

税理士がこの制度を敬遠する理由とは？

これほど大きなメリットがあるにもかかわらず、利用率が低い最大の理由は、税理士が負う責任の重さにあります。
添付書面には、税理士が確認した事実を詳細に記載するため、もし申告内容に不備や虚偽が発覚した場合、税理士自身の責任が追及される可能性があります。

この責任問題とは、税理士が懲戒処分を受けるリスクがあるということです。
重大な法令違反や不正が発覚した場合、最悪のケースでは税理士資格の剥奪につながることもあります。
このリスクがあるため、すべての税理士が積極的にこの制度を活用しているわけではありません。
特に、顧問先が提出する資料が不十分であったり、透明性に欠けたりする場合、税理士は大きなリスクを負うことになります。
　

責任を負う覚悟のある税理士を見つける重要性

書面添付制度の効果を最大限に引き出すには、制度の趣旨を理解し、その責任を負う覚悟のある税理士と連携することが不可欠です。

添付書面を作成するには、通常の申告業務以上に、顧問先との密なコミュニケーションや会計資料の厳密な確認が求められます。
したがって、書面添付制度を提案してくれる税理士は、単なる記帳代行ではなく、クリニックの経営を真剣に考え、税務調査リスクの軽減に尽力してくれる信頼できるパートナーと言えるでしょう。
　

診療所・クリニックが書面添付制度を利用するためのステップ

書面添付制度のメリットを最大限に享受するには、ただ制度を利用するだけでは不十分です。
この制度を効果的に活用するためには、信頼できる専門家を選び、密に連携することが不可欠です。
　

制度に精通し、責任を負う覚悟のある税理士を選ぶポイント

書面添付制度を提案してくれる税理士は、単に申告書を作成するだけの存在ではありません。

彼らは、税務署との間に立ち、先生方の事業を守る「信頼できるパートナー」です。
そのような税理士を見つけるためのポイントは以下の通りです。

• 書面添付制度の経験が豊富か
  書面添付の実績がどれくらいあるかを確認しましょう。
  過去の経験から、税務署のチェックポイントや意見聴取への対応方法を熟知している税理士は心強い存在です。

• コミュニケーションを重視するか
  添付書面を作成するには、会計処理の背景や経営状況について、税理士が深く理解する必要があります。
  日頃からコミュニケーションを密に取り、先生方の話を丁寧に聞いてくれる税理士を選びましょう。

• 専門家としての責任を負う覚悟があるか
  「書面添付制度を積極的に利用しましょう」と提案してくれる税理士は、この制度がもたらすリスクを理解した上で、責任を負う覚悟を持っている証拠です。
  　

専門家とどのように連携を進めるべきか

信頼できる税理士が見つかったら、以下の点を意識して連携を進めましょう。

• 正確な情報提供を心がける
  添付書面は、先生方から提供された情報に基づいて作成されます。
  経費の領収書や帳簿は正確かつタイムリーに渡し、不明点があればすぐに相談しましょう。

• 日頃からコミュニケーションを取る
  月次決算の報告を受けるだけでなく、経営に関する疑問や不安があれば、積極的に相談しましょう。
  日頃のコミュニケーションが、税務調査時のスムーズな対応につながります。

• 不明な点は質問する
  税務や会計は専門性が高く、分からないことが多いのは当然です。
  疑問に思ったことは、遠慮なく税理士に質問し、納得した上で申告を進めましょう。
   

【まとめ】書面添付制度で税務調査の不安を解消しよう

この記事では、診療所やクリニックが税務調査で狙われやすい理由から、その対策として有効な書面添付制度について詳しく解説しました。

• 税務調査はいつか来るかもしれない、避けられないリスクであること。

• 書面添付制度は、その税務調査の実地調査を省略できる可能性を秘めた有効な手段であること。

• 制度の利用率が低い背景には、税理士が負う責任の重さがあること。

• 書面添付制度を最大限に活用するには、この制度に精通し、責任を負う覚悟を持った信頼できる税理士を選ぶことが不可欠であること。

書面添付制度は、先生方が日々の診療に安心して集中できる環境を整えるための有効なツールです。
信頼できる税理士と連携し、この制度を導入することで、税務調査に対する漠然とした不安を解消できるでしょう。

ぜひ、これを機に顧問税理士と相談し、書面添付制度の導入を検討してみてはいかがでしょうか。

私たち税理士法人シーガルは開業医・医療法人専門の税理士法人ですので、税務顧問業務のほか、医療法人設立、一般社団法人による診療所開設、医院経営に関するご相談なども対応可能です。