病院の税務調査で見られる7つの論点｜MS法人・修繕費・未払金

「病院の税務調査では、何を見られるのか」
「クリニックの税務調査と、病院規模の医療法人の税務調査は違うのか」
「MS法人や関連法人との取引は、どこまで確認されるのか」
「修繕費や医療機器の処理は、どの資料で説明すればよいのか」

病院規模の医療法人では、このような不安が出ることがあります。

病院の税務調査では、領収書や請求書の確認だけでなく、医業収入、医業未収金、医薬品・診療材料の棚卸、未払金、MS法人との取引、修繕費、固定資産、役員報酬、消費税など、病院特有の論点が見られやすくなります。

特に病院規模になると、取引金額が大きく、取引先も多くなります。医事課、経理、法人本部、MS法人、関連法人、金融機関、設備業者など、関係する相手も増えます。

そのため、税務調査で大切なのは、単に「経費の領収書があるか」だけではありません。

その処理をなぜ行ったのか、どの資料に基づいているのかを説明できる状態にしておくことが重要です。

この記事では、病院・医療法人の税務調査で見られやすい7つの論点と、平時から整理しておきたい資料を、理事長・事務長向けに実務目線で解説します。

病院の税務調査は、クリニックとは見られ方が違う

クリニックの税務調査では、院長個人の経費、自費収入、役員報酬、交際費、車両関係費などが見られやすいです。

一方で、病院規模の医療法人では、論点が広がります。

病院では、職員数、取引先、設備投資、借入、未収金、棚卸、未払金の規模が大きくなります。また、MS法人や関連法人と取引しているケースもあります。

そのため、病院の税務調査では、次のような点を説明できるかが重要になります。

病院の税務調査では、経理処理だけでなく、医事データ、固定資産、関連法人取引、消費税区分まで含めて、資料を整理しておく必要があります。

病院の税務調査で見られる7つの論点

病院の税務調査で見られやすい論点は、主に次の7つです。

それぞれについて、順番に見ていきます。

1. 医業収入・自費収入・窓口現金

病院の売上は、会計ソフトだけでは完結しません。

医事課が管理している数字と、経理が会計ソフトに入力している数字が分かれていることが多いからです。

税務調査では、会計上の医業収入だけでなく、医事システムの資料、日計表、レセプト請求額、窓口現金、自費収入の集計が確認されることがあります。

特に注意したい収入は、次のとおりです。

病院では、文書料、診断書料、健診収入、予防接種、差額ベッド代、駐車場収入など、保険診療収入以外の収入も発生します。

これらが医事システム上では管理されていても、会計上の売上や雑収入に正しく反映されていなければ、税務調査で確認に時間がかかります。

重要なのは、医事データと会計データを月次で照合できる状態にしておくことです。

決算時にまとめて確認するのではなく、月次の段階で、医業収入、自費収入、窓口現金、返金、預り金を整理しておくと、税務調査でも説明しやすくなります。

2. 医業未収金・返戻査定・窓口未収の貸倒処理

病院では、診療報酬の請求・入金・返戻・査定のタイミングがズレます。

そのため、医業未収金の残高が分かりにくくなることがあります。

ただし、貸倒処理で特に実務上の論点になりやすいのは、保険請求分よりも、窓口未収や患者未収金です。

患者未収金については、窓口での未回収、分割払い、督促、回収不能処理が発生することがあります。金額は1件ごとには大きくなくても、件数が多くなれば、決算や税務調査で確認が必要になります。

税務調査では、医業未収金の残高、入金消込、返戻査定、窓口未収、患者未収金、貸倒処理の根拠を説明できるかが重要です。

病院では、患者未収金が少額・多件数になることがあります。

そのため、貸倒処理を行う場合は、単に「回収できないので落とす」という処理ではなく、未収金残高表、督促記録、分割回収の状況、回収不能と判断した資料を残しておくことが大切です。貸倒損失として処理できる場面は、債権の切捨て、全額回収不能、一定期間取引停止後に弁済がない場合などに整理されているため、処理の根拠を残すことが重要です。

窓口未収については、現場での管理と経理上の残高がズレやすい項目です。医事システム上の未収金残高と、会計上の医業未収金・貸倒処理がどのように対応しているかを確認できるようにしておく必要があります。

3. 医薬品・診療材料の棚卸と未着請求

病院では、医薬品費や診療材料費の金額が大きくなりやすいです。

そのため、医薬品・診療材料の棚卸や、買掛金・未払金の計上は、税務調査でも確認されやすい項目です。

棚卸が適切に反映されていなければ、材料費や利益がズレます。
また、請求書が届いていない費用を計上していない場合、未払金や買掛金の計上漏れにつながります。

特に病院では、請求書が届くタイミングが取引先ごとに異なります。

医薬品卸、診療材料、給食委託、清掃、リネン、保守、修繕など、決算日までに発生している費用について、請求書が未着でも把握できる体制が必要です。

決算時だけでなく、月次決算の段階から未着請求リストを作っておくと、未払金や買掛金の計上漏れを防ぎやすくなります。

医薬品・診療材料の棚卸表、買掛金一覧、未着請求リストを整えることは、税務調査だけでなく、月次決算の精度にもつながります。

4. MS法人・関連法人との取引

病院規模の医療法人では、MS法人や関連法人と取引していることがあります。

MS法人や関連法人との取引そのものが問題なのではありません。

税務調査で重要なのは、契約書があるか、実際に業務が行われているか、金額に合理性があるか、資金移動を説明できるかです。

たとえば、医療法人がMS法人に管理料や業務委託料を支払っている場合、その業務内容や金額の根拠を説明できる必要があります。

不動産賃料を支払っている場合には、契約書、賃料水準、使用実態を確認します。

貸付金や借入金がある場合には、残高、利息、返済条件、資金移動を整理しておくことが重要です。

MS法人との取引は、節税目的で説明するのではなく、業務実態・契約内容・金額の合理性を説明できる状態にしておくことが大切です。

また、MS法人や関連法人との取引については、令和8年度税制改正により保存すべき資料や価格根拠の重要性が高まっています。詳しくは、関連記事「医療法人・開業医とMS法人取引 令和8年改正と価格根拠資料を解説」で解説しています。

5. 修繕費・資本的支出・固定資産

病院では、金額の大きい修繕や設備投資が発生しやすいです。

たとえば、次のような支出があります。

病院の修繕費は、請求書だけでは判断できないことがあります。

たとえば、空調更新、病棟改修、給排水設備、ナースコール、電子カルテ更新などは、内容によって修繕費になる場合もあれば、資本的支出として資産計上が必要になる場合もあります。

請求書のタイトルが「修繕工事」となっていても、それだけで修繕費と判断できるわけではありません。固定資産の維持管理や原状回復のための支出は修繕費として処理しやすい一方で、使用可能期間を延ばす工事や、資産価値を高める工事は資本的支出として扱う必要があります。

そのため、次の資料を整理しておくことが重要です。

• 見積書

• 請求書

• 工事内容の明細

• 契約書

• 工事前後の写真

• 対象設備の資料

• 固定資産台帳

• 補助金対象資産の資料

なお、古い設備や医療機器の除却については、除却処理をしていないこと自体が税務調査で不利に指摘されるというよりも、除却損を計上している場合に、その処分・廃棄の事実を説明できる資料が必要になると考える方が自然です。

そのため、除却損を計上する場合は、廃棄証明、売却資料、写真、固定資産台帳との対応関係を残しておくと説明しやすくなります。

修繕費、資本的支出、固定資産は、病院の決算や税務調査で特に説明が必要になりやすい論点です。

高額医療機器の更新については、関連記事「病院の高額医療機器更新はいつ？融資・補助金・資金繰りの考え方」もあわせて確認するとよいです。

6. 役員報酬・役員退職金・親族給与

病院規模の医療法人では、理事長、理事、監事、親族、MS法人役員などが関係することがあります。

役員報酬や親族給与は、金額だけでなく、決議、職務内容、勤務実態、支給根拠を説明できることが重要です。

病院では、理事長や親族が複数の法人に関与していることもあります。

たとえば、医療法人とMS法人の両方に関与している場合、どちらの法人でどの業務を行っているのか、報酬の根拠は何かを説明できるようにしておく必要があります。

役員報酬や役員退職金については、次の資料を整理しておくとよいです。

• 議事録

• 報酬決議

• 職務内容の説明資料

• 勤務実態が分かる資料

• 退職金計算資料

• 支給規程

• MS法人との兼務状況が分かる資料

役員報酬や親族給与は、税額への影響が大きい項目です。

そのため、決算時だけでなく、平時から支給根拠を整理しておくことが大切です。

7. 消費税・控除対象外消費税

病院では、社会保険診療など非課税売上が多くなります。

一方で、差額ベッド料、文書料、診断書料、自費診療など、課税売上として整理すべき収入もあります。社会保険医療は消費税の非課税取引として扱われますが、美容整形、差額ベッド料、市販医薬品の販売などは非課税取引に含まれません。

そのため、消費税の課税・非課税区分や、控除対象外消費税の整理が重要になります。

病院で確認したい消費税の論点は、次のとおりです。

病院では、消費税の納税額だけでなく、控除対象外消費税が損益や資金繰りに影響します。

特に、医療機器の更新、病棟改修、建物附属設備、電子カルテ更新など、大型投資がある場合には、消費税の負担が大きくなりやすいです。

消費税については、売上区分、仕入区分、課税売上割合、設備投資の資料を整理しておくことが重要です。

病院の控除対象外消費税については、関連記事「病院の控除対象外消費税とは？黒字でもお金が残らない理由を解説」でも詳しく解説しています。

税務調査で慌てないために平時から整理すべき資料

税務調査では、「正しく処理しています」と説明するだけでは足りません。

大切なのは、なぜその処理にしたのかを説明できる資料です。

病院規模の医療法人では、取引数も金額も大きくなります。
調査通知後に一から資料を探すと、確認に時間がかかります。

そのため、月次管理や決算整理の段階から、次のような資料を残しておくことが大切です。

これらの資料を毎月すべて完璧に作る必要はありません。

ただし、どこに資料があるのか、誰が管理しているのか、税理士が確認できる状態になっているのかは、平時から整理しておく必要があります。

病院の税務調査では、経理担当者だけでなく、医事課、事務長、法人本部、施設管理、場合によってはMS法人や関連法人との連携も必要になります。

書面添付制度も検討したい

税務調査に不安がある場合、書面添付制度についても知っておくとよいです。

書面添付制度とは、申告書を作成するにあたり、税理士がどのような資料を確認し、どのような検討を行ったかを添付書面で説明する制度です。

書面添付制度では、申告書の作成に関して計算・整理した事項などを記載した書面を添付できます。また、一定の条件を満たす場合には、調査通知前に税理士へ意見を述べる機会が与えられる仕組みがあります。

ただし、書面添付制度は、税務調査を必ずなくす制度ではありません。

また、形式的に書面を添付すればよいものでもありません。

病院規模の医療法人で書面添付を検討する場合は、医業収入、医業未収金、窓口未収、棚卸、未払金、MS法人取引、修繕費、役員報酬、消費税などについて、税理士が確認した内容を説明できる状態にしておく必要があります。

つまり、書面添付制度を活用する場合でも、前提になるのは日々の資料整理と月次管理です。

書面添付制度の基本については、関連記事「税務調査を回避！クリニック経営者が知っておくべき書面添付制度」でも解説しています。

本記事では、書面添付を行う場合でも、まず月次管理や決算整理の段階で説明できる資料を整えることが大切だと考えてください。

病院の税務調査対策は月次管理とセットで考える

税務調査対策は、調査の連絡が来てから始めるものではありません。

病院規模の医療法人では、月次決算の段階で、医業収入、医業未収金、未払金、MS法人取引、修繕費、役員報酬、消費税を確認しておくことで、税務調査でも説明しやすくなります。

月次決算を早めることは、経営判断のためだけではありません。

税務調査で説明できる資料を残すためにも重要です。

たとえば、医事データと会計データを毎月確認していれば、医業収入や医業未収金の説明がしやすくなります。未着請求リストを作っていれば、未払金や買掛金の計上漏れを防ぎやすくなります。設備投資や修繕費の資料を月次で共有していれば、決算時に修繕費か資本的支出かを判断しやすくなります。

税務調査に対応しやすい体制は、調査前だけで作るものではありません。
毎月の数字と資料を、説明できる形で残しておくことが大切です。

シーガルでは病院規模の医療法人の月次管理まで確認します

税理士法人シーガルでは、病院・医療法人の顧問業務において、決算申告だけでなく、月次管理、資金繰り、部門別損益、設備投資、控除対象外消費税などを確認しています。

病院規模の医療法人では、税務調査で説明が必要になりやすい論点が多くあります。

たとえば、医業収入、医業未収金、窓口未収、未払金、MS法人取引、修繕費、役員報酬、消費税などです。

シーガルでは、マネーフォワードクラウド会計やBixidを活用し、月次の会計データを整理しながら、理事長・事務長が説明しやすい形で数字を確認しています。

税務調査対策だけを切り出して考えるのではなく、月次顧問の中で平時から資料を整理し、必要なときに説明できる状態を作ることが大切です。

病院の月次決算や資金繰りについては、関連記事「病院の月次決算を早めるクラウド会計｜経理体制の作り方」や「病院の資金繰り改善｜理事会・金融機関に説明できる5つの資料」もあわせて確認してください。

病院の税務調査・月次管理に不安がある方へ

病院の税務調査では、試算表や領収書だけでなく、医事データ、医業未収金、窓口未収、未払金、MS法人との契約、修繕費、固定資産、役員報酬、消費税など、確認すべき資料が多くあります。

「税務調査でどの資料を見られるのか不安」
「MS法人や関連法人との取引を整理したい」
「修繕費や設備投資の処理に不安がある」
「月次管理の段階から税務調査に対応できる資料を整えたい」

このようなお悩みがある理事長先生・事務長の方は、まずは無料の初回面談をご利用ください。

税理士法人シーガルでは、病院規模の医療法人向けに、月次決算、資金繰り、部門別損益、Bixidでの経営報告を含めた顧問サービスを提供しています。

無料の初回面談では、現在のお悩みや整理すべき論点を確認し、顧問契約の内容をご説明しています。個別具体的な税務判断や税務調査対応は、資料確認が必要になるため、顧問契約後に対応しています。

現在の顧問税理士がいるものの、別の視点でも確認したい方は、ゆるやかな税理士変更プラン もご利用いただけます。

よくある質問

病院の税務調査では、クリニックと何が違いますか？

病院規模の医療法人では、医業収入、医業未収金、医薬品・診療材料、未払金、MS法人、関連法人、修繕費、設備投資、役員報酬、消費税など、確認される論点が広くなります。

クリニックよりも拠点数や取引金額が大きく、説明に必要な資料も多くなりやすいです。

MS法人との取引で注意すべきことは何ですか？

MS法人との取引では、契約書、業務内容、請求金額、支払実態、資金移動を説明できるようにしておくことが大切です。

取引そのものが問題なのではなく、実態があるか、金額に合理性があるかを説明できるかが重要です。

修繕費と資本的支出はどう分けますか？

修繕費か資本的支出かは、請求書の名目だけでは判断できません。

固定資産の維持管理や原状回復のための支出は修繕費として処理しやすい一方で、使用可能期間を延ばす工事や、資産価値を高める工事は資本的支出として扱う必要があります。工事内容、見積書、写真、対象設備などをもとに判断します。

書面添付制度を使えば、税務調査はなくなりますか？

書面添付制度は、税務調査を必ずなくす制度ではありません。

書面添付制度は、税理士が申告書作成にあたって確認・検討した内容を添付書面で説明する制度です。病院規模の医療法人で活用するには、医業収入、未払金、MS法人取引、修繕費、役員報酬、消費税などについて、税理士が説明できる資料を平時から整理しておくことが重要です。

書面添付制度の詳細は、関連記事「税務調査を回避！クリニック経営者が知っておくべき書面添付制度」も参考にしてください。