【完全版】医療法人解散・清算手続きの流れと期間を専門税理士が図解

「医療法人をたたみたいが、何から始めればよいのか分からない」
「診療所の廃止と、法人の解散・清算の違いが整理できていない」
「所轄庁、法務局、税務署と関係先が多く、全体像が見えない」

医療法人の解散・清算を考え始めた理事長先生から、このようなご相談を受けることがあります。

結論からいうと、医療法人の解散・清算は、診療所を閉めれば自然に終わる手続ではありません。
都道府県への解散認可申請または解散届、法務局での解散登記・清算人就任登記、官報公告、財産と債務の整理、複数回の申告、清算結了登記、都道府県への清算結了届まで進んで、初めて法人格の消滅に至ります。都道府県や厚生労働省の様式・手引きからも、医療法人の解散と清算が一つの届出で終わらないことが確認できます。

また、短期間で終わる手続でもありません。手引きで確認できる県としては、たとえば埼玉県では、社員総会決議等による認可解散について、医療審議会の開催時期により認可まで半年程度待つ場合があると案内しています。さらに神奈川県の手引きでは、清算結了届の添付書類として官報の写し（3回分）が挙がっており、少なくとも公告期間とその後の整理が必要になります。認可待ちの期間に加え、公告期間、財産整理、申告まで考えると、全体はかなり長めに見ておく必要があります。

税理士法人シーガルは、開業医・医療法人専門の税理士法人として、神奈川県茅ヶ崎市から日本全国対応でご相談を受けています。医療法人の解散・清算についても、地域を問わず全国からお問い合わせをいただいています。

閉院を決めても、出口は必ずしも解散・清算だけではありません

長年の経営の末、医院の閉院を決めたとしても、出口は必ずしも解散・清算だけとは限りません。
とくに持分あり医療法人では、法人格や出資持分に価値が付くことがあり、承継や譲渡を比較した方がよい場面があります。これは「必ず売れる」という意味ではありませんが、少なくとも、閉院したら必ず解散しかない、というほど単純ではありません。

実際、M&Aの案件掲載例では、出資持分あり医療法人の法人格のみの譲渡として、500万円で売却希望とする案件が確認できます。もちろん、これはあくまで一つの掲載例であり、立地、社員構成、負債の有無、移転条件、承継のしやすさで価格は大きく変わります。ただ、持分あり医療法人であれば、「箱だけでも一定の金額で売買されることがある」というニュアンスは押さえておいた方がよいです。

もっとも、この記事では解散・清算で進める場合の流れに絞って整理します。譲渡や承継の可能性があるとしても、解散・清算の流れを知っておくことは無駄になりません。比較するにしても、まずは解散・清算の全体像を把握しておく方が判断しやすいからです。

医療法人の「閉院」「解散」「清算」は別です

まず押さえたいのは、「閉院」と「解散」と「清算」は別の話だという点です。

閉院は、診療所や病院としての診療をやめることです。
解散は、医療法人として事業を終わらせるための法的な入口です。
清算は、解散後に残る財産と債務を整理し、最後に法人格を消すまでの手続です。医療法では、解散した医療法人は、清算の目的の範囲内で清算結了までなお存続すると定められています。つまり、解散しても、すぐに法人が消えるわけではありません。

そのため実際には、

・保健所への診療所廃止届
・厚生局への保険医療機関廃止届
・都道府県への解散認可申請または解散届
・法務局での登記
・税務署等への異動届や申告

が別々に動きます。

まず確認したいのは、認可解散か届出解散かです

医療法人の解散は、どの理由で解散するかによって入口が変わります。
医療法人の解散事由として、

1. 定款で定めた解散事由の発生

2. 目的たる業務の成功の不能

3. 社員総会の決議

4. 他の医療法人との合併

5. 社員の欠亡

6. 破産手続開始の決定

7. 設立認可の取消し
   が挙げられています。

このうち、目的たる業務の成功の不能と社員総会の決議による解散は、都道府県知事の認可を受けなければ効力を生じません。
一方、定款で定めた解散事由の発生と社員の欠亡による解散は、届出のみで進む建て付けです。

多くの診療所で実際に問題になるのは、社員総会決議による認可解散と、定款上の解散事由や社員欠亡による届出解散のどちらで進めるかです。もっとも、どちらに該当するかは、定款の文言、社員構成、現時点の法人の状態によって変わるため、先に所轄庁へ相談する方が安全です。

医療法人の解散・清算の全体の流れ

医療法人の解散・清算は、概ね次の順番で進みます。

1. 解散方針を決め、所轄庁に事前相談する

2. 解散認可申請または解散届を提出する

3. 解散登記・清算人就任登記を行う

4. 債権者保護手続を行う

5. 財産の換価、債務弁済、残余財産の整理を進める

6. 申告を進める

7. 清算結了登記を行う

8. 所轄庁と税務署等への最後の届出を行う

知事認可だけで終わるわけでも、登記だけで終わるわけでもなく、行政への申請・届出、法務局での登記、財産整理、申告が順番に重なります。

ステップ1　解散認可申請または解散届

最初の山場は、所轄庁への手続です。
社員総会の決議など認可が必要な解散であれば、解散認可申請書、理由書、社員総会議事録、財産目録、貸借対照表、残余財産の処分に関する書類などをそろえます。

一方、届出解散であっても、届出だけで終わるわけではありません。一般的に届出解散でも、理由書、財産目録、貸借対照表、残余財産の処分方法、登記事項証明書などが必要です。つまり、「認可なら重い、届出なら軽い」と単純化しすぎない方がよく、どちらでも財産や残余財産の整理が前提になります。

ステップ2　解散登記・清算人就任登記

解散の効力が生じたら、次は法務局対応です。
解散したことの登記と、清算人が就任したことの登記を行います。

医療法では、合併と破産による解散を除き、理事が清算人になるのが原則ですが、定款で別段の定めがある場合や、社員総会で別の者を選任した場合はその定めが優先されます。解散後は、理事長ではなく、清算人が法人を代表する立場になります。

登記が終わった後は、都道府県へ解散登記完了届や清算人就任登記届を出す流れになります。

ステップ3　債権者保護手続

清算人が就任した後は、債権者保護手続が必要です。
医療法は、清算人に対し、就職の日から2か月以内に、少なくとも3回の公告で、債権者に対して一定期間内に債権申出をするよう催告しなければならないと定めています。期間は2か月を下ることができず、判明している債権者には個別催告も必要です。公告は官報に掲載して行います。

ステップ4　財産整理、役員退職金、役員借入金の確認

債権者保護手続が始まったら、清算人が中心となって財産整理を進めます。
医療法は、清算人の仕事として、現務の結了、債権の取立てと債務の弁済、残余財産の引渡しを定めています。

ここでいう現務の結了には、

• 医療機器や備品の売却・処分

• 預金や保険の解約

• 借入金や未払費用の支払い

• 未収金の回収

• 賃貸借契約やリース契約の終了
  などが含まれます。

この段階で重要になるのが、役員退職金です。
医療法人の解散では、最後に残る財産をどう整理するかが大きな論点になりますが、そのときに役員退職金が重要な役割を持つことがあります。解散後も引き続き清算人として事務に従事する旧役員に対して、その解散前の勤続期間に係る退職手当等として支払われる給与は、法人税法上の退職給与に当たることが国税庁の質疑応答で示されています。つまり、解散したから退職金が払えないわけではありません。

もっとも、役員退職金は、どのタイミングで、どの根拠で、いくら支給するかが重要です。残余財産が見えてきた段階で決議・支給を検討することは多いですが、実質的な剰余金配当に見えないように、退職金規程や議事録の整備が必要です。金額設定や決議のタイミングによって、法人側・個人側の手取りは大きく変わり得ます。詳しくは関連記事の「医療専門税理士解説｜医療法人解散で退職金はいくら？適正額の決め方」をご覧ください。

さらに、医療法人に役員借入金が計上されている場合は、より慎重な確認が必要です。役員から医療法人への貸付金を、解散の過程で放棄すると、医療法人側では債務免除益が生じます。国税庁の資料でも、法人が債務免除を受けた場合には、債務者側に債務免除益が生じることが前提とされています。役員借入金の放棄は「お金が消えるだけ」に見えても、法人側で益金（収入）が計上されるため、申告上は要注意です。

ただし、そこで終わりではありません。国税庁は、解散した法人で残余財産がないと見込まれる場合には、期限切れ欠損金額を一定の範囲で損金算入できることを示しています。また、通常の青色欠損金の繰越控除も、限度内で使えます。

したがって、役員借入金の放棄による債務免除益が出ても、過去の欠損金で吸収できることがあります。ただ、どこまで使えるかは期首利益積立金額や所得金額の状況で変わるため、借入金放棄をする前に必ず試算した方が安全です。

また、もし清算中に医療法人の財産で債務を完済できないことが明らかになったときは、清算人は直ちに破産手続開始の申立てをし、その旨を公告しなければなりません。

通常清算では、財産を整理し、債務を払い、残余財産があれば引き渡す、という流れで進みますが、支払いきれないことが明らかになれば、通常清算のまま押し切ることはできず、破産手続に切り替わるということです。つまり、解散後の手続は「解散・清算」一本ではなく、途中で破産に分岐する可能性もあります。

ステップ5　申告は通常２回以上あります

医療法人は、解散したら申告が1回で終わるわけではありません。
通常は2回以上必要です。分かりやすく言うと、
1．解散確定申告
2．清算中の各事業年度の申告
3．残余財産確定事業年度の最後の申告
の3つを意識すると整理しやすいです。国税庁も、事業年度の中途で法人が解散した場合には、その事業年度はいったん解散日に終了し、その翌日から次の事業年度が始まると説明しています。

1．解散確定申告

まず、会計年度の開始日から解散日までで1回目の申告を行います。
たとえば、3月決算の医療法人が10月15日に解散した場合は、4月1日から10月15日までが最初の申告期間です。

これがいわゆる解散確定申告です。確定申告書は、原則として各事業年度終了の日の翌日から2か月以内に提出します。

2．清算中の各事業年度の申告

次に、解散日の翌日からは、清算中の申告に入ります。
ここで大事なのは、株式会社等と医療法人では、解散後の期間の見方が違うことです。

国税庁が「解散後は1年ごとの清算事務年度になる」と説明しているのは、株式会社等についてです。国税庁の手引きでも、株式会社等が解散等をした場合における清算中の事業年度は、定款で定めた事業年度にかかわらず、会社法等に規定する清算事務年度になると書かれています。

一方、医療法人には、医療法第53条で会計年度の規定があります。医療法人の会計年度は、原則として4月1日から翌年3月31日ですが、定款に別段の定めがあればその定めによります。したがって、医療法人は、解散日でいったん区切った後も、その後は元の決算月ごとに申告を続けると考えると分かりやすいです。

たとえば、3月決算の医療法人が10月15日に解散した場合は、
1回目が4月1日から10月15日まで、
その次は10月16日から翌年3月31日まで、
さらに清算が続けば、その次は4月1日から翌年3月31日まで
という形で申告していきます。

つまり、解散日で一度区切るが、その後は元の決算月ごとに申告を続ける、という理解で大丈夫です。

3．残余財産確定事業年度の最後の申告

最後に、残余財産が確定した事業年度の申告があります。
法人税法第74条第2項では、清算中の内国法人につきその残余財産が確定した場合には、その事業年度の申告書は、原則として残余財産が確定した日の翌日から1か月以内に提出することとされています。

たとえば、3月決算の医療法人が10月15日に解散し、翌年8月20日に残余財産が確定した場合は、

• 1回目　4月1日〜10月15日

• 2回目　10月16日〜翌年3月31日

• 3回目　4月1日〜8月20日
  というイメージです。3回目が、残余財産確定事業年度の最後の申告です。

もっとも、清算の進み方によっては、清算中の各事業年度の申告と、残余財産確定事業年度の申告が同じ事業年度に収まることがあります。
たとえば、3月決算の医療法人が10月15日に解散し、その翌年2月20日に残余財産が確定した場合は、

• 1回目　4月1日〜10月15日

• 2回目　10月16日〜翌年2月20日
  で終わることがあり、結果として2回になります。
  逆に、清算が長引けば、3回以上になることもあります。
  大事なのは、「解散したら一度だけ申告すれば終わり」ではないという点です。

ステップ6　清算結了登記、所轄庁への報告、税務署等への最後の届出

財産整理と申告が終わったら、最後に清算結了登記を行います。
その後、都道府県へ清算結了届を提出します。多くの都道府県では清算手続が結了し、登記完了後に清算結了届を提出すると案内しています。医療法でも、清算が結了したときは、清算人はその旨を都道府県知事に届け出なければならないと定めています。

さらに、ここで終わりではありません。
税務署、都道府県税事務所、市区町村にも、解散や清算結了に関する届出が必要です。

税務署については、国税庁の異動事項に関する届出が、法人の解散・清算結了を届出対象として明示しています。

地方税についても、eLTAXの異動届の記載要領では、残余財産確定日や清算結了年月日を入力する欄が設けられており、都道府県・市町村への届出が前提になっています。

つまり、最後は

・清算結了登記
・所轄庁への清算結了届
・税務署への異動届
・都道府県・市区町村への異動届

までやって、ようやく本当に終わる、という流れです。

ここまで終わって、初めて「医療法人の解散・清算が完了した」と言えます。
感覚としては閉院の時点で終わったように見えても、法的には清算結了まで法人は残っています。 ですから、「診療をやめた」ことと「法人が消えた」ことは同じではありません。

期間はどれくらい見ておくべきか

医療法人の解散・清算は、数か月で終わる前提では組まない方が安全です。
一般的に認可まで半年程度待つ場合があると案内されています。そこに、登記、財産整理、申告、清算結了届までが続きます。

したがって、社員総会決議による認可解散では、半年を大きく超えることは普通にあり、1年近くかかっても不思議ではない手続です。
一方で、届出解散で、資産負債関係がかなり単純で、整理も早い場合は、もっと短く進むこともあります。
つまり、期間は「平均○年」と機械的に見るより、認可までの待ち時間、公告期間、財産整理の重さで決まると考えた方が現実に合っています。

清算が終わった後に申告漏れが見つかったらどうなるのか

ここも、解散前に考えておいた方がよい論点です。
清算結了まで終わっても、後から申告漏れや分配の問題が見つかれば、「もう法人は終わったから関係ない」では済みません。

国税については、国税庁の通達・事務提要で、清算人等の第二次納税義務が整理されています。解散法人の残余財産の分配等をした後に、納付すべき税額が残った場合、清算人や残余財産の分配を受けた者に第二次納税義務が問題になることがあります。つまり、清算後に問題が出たとき、最終的な負担が個人側に及ぶ可能性があるということです。

だからこそ、解散・清算は「早く閉じること」だけでなく、立つ鳥跡を濁さず、後から問題が出ないように整えて終えることが大切です。
役員退職金、役員借入金、欠損金、残余財産、最後の届出まで含めて、最初に順番を整理しておく意味はここにあります。

よくある誤解

閉院すれば、法人も自然に終わる

終わりません。
閉院は医療機関としての廃止であり、医療法人の解散・清算は別手続です。神奈川県などの手引きでも、診療所廃止届の写しと医療法人の解散関係書類は別々に求められています。

解散認可が下りれば、あとは簡単

簡単ではありません。
認可の後に、登記、官報公告、財産整理、申告、清算結了登記、清算結了届、税務署等への最後の届出が続きます。認可は全体の前半です。

申告は一回で終わる

終わりません。
通常は2回以上、考え方としては3つの山があります。解散日まで、清算中の期間、残余財産確定後の最後、という順番で見ると分かりやすいです。

株式会社と同じように、解散後は1年ごとに見ればよい

医療法人では、その理解は危ないです。
国税庁が1年ごとの清算事務年度と説明しているのは株式会社等であり、医療法人には医療法第53条の会計年度規定があります。少なくとも、株式会社の感覚をそのまま当てはめないことが大切です。

まとめ

医療法人の解散・清算は、
解散事由の確認 → 認可申請または届出 → 解散登記・清算人就任登記 → 官報公告 → 財産整理 → 申告 → 清算結了登記 → 所轄庁と税務署等への最後の届出
という流れで進みます。行政への申請・届出、法務局での登記、財産整理、税務署等への申告と届出が重なる長い手続です。

押さえておきたいポイントは、以下の６点です。

1. 医療法人の解散は認可解散と届出解散に分かれること

2. 清算中も法人格は残ること

3. 官報公告と財産整理が必要なこと

4. 申告は通常2回以上あること

5. 株式会社等と医療法人では、清算中の期間の見方が同じではないこと

6. 最後は清算結了登記だけでなく、所轄庁・税務署・都道府県・市区町村への届出まで必要なこと

長年の経営の末に閉院を決めても、出口は必ずしも解散・清算だけとは限りません。とくに持分あり医療法人では、法人格や出資持分の扱いが論点になることがあります。案件掲載例では、出資持分あり医療法人の法人格のみの譲渡を500万円で希望する例も確認できます。もっとも、案件ごとの差は大きいため、あくまで参考例として見るべきです。

一方で、解散・清算で進める場合でも、役員退職金をどう考えるか、役員借入金をどう扱うか、申告をどう区切るか、どの順番で進めるかで結果は大きく変わります。

税理士法人シーガルでは、医療法人の解散について、全国からご相談をいただいています。
「認可解散か届出解散かを整理したい」
「申告が何回必要か、先に全体像を知りたい」
「役員退職金や役員借入金まで含めて、最後まで無理のない流れを組みたい」

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